Sachverhalt

Parteien und Verfahren: Die [A. AG] (Beklagte, Beschwerdeführerin) mit Sitz in [U.] /SG betreibt eine Automobilwerkstätte und handelt mit Neu- und Occasionsfahrzeugen, unter anderem der Marke VW. Die Volkswagen AG (Klägerin 1, Beschwerdegegnerin 1) mit Sitz in Wolfsburg ist Inhaberin der internationalen Wortmarken 'VW' und 'VOLKSWAGEN' sowie der Wort-/Bildmarke 'VW im Kreis'. Die AMAG Automobil- und Motoren AG (Klägerin 2, Beschwerdegegnerin 2) mit Sitz in Zürich ist Generalimporteurin in der Schweiz und berechtigt, die Markenrechte der Klägerin 1 zu nutzen und Unterlizenzen zu erteilen.

Vertragsverhältnis: Ende 2004 bzw. Anfang 2005 schloss die Klägerin 2 mit der Beklagten einen Händlervertrag und einen Servicepartnervertrag für VW-Nutzfahrzeuge ab, wodurch die Beklagte den Status einer offiziellen VW-Vertretung und das Recht zur Markennutzung erhielt. Der Händlervertrag wurde einvernehmlich per 31. Dezember 2013, der Servicepartnervertrag per 30. Juni 2014 aufgehoben. Die Beklagte bot danach weiterhin überwiegend VW-Fahrzeuge und Serviceleistungen an.

Streitgegenstand: Die Beklagte verwendete die Bezeichnung 'VW-Land Toggenburg' auf Dachreklametafeln, Fahnen und einem freistehenden Schild sowie zumindest früher das Logo 'VW im Kreis' auf Kennzeichenhalterungen. Nach Abmahnungen vom 4. und 25. August 2014 entfernte sie die Bezeichnung auf ihrer Website; weitere Abmahnungen erfolgten am 7. Mai und 10. Juli 2015.

Verfahren vor Handelsgericht: Am 30. September 2016 reichten die Klägerinnen beim Handelsgericht des Kantons St. Gallen Klage ein. Rechtsbegehren 1 verlangte ein Verbot, 'VW-LAND' oder 'VW-LAND TOGGENBURG' im Geschäftsverkehr zu gebrauchen, unter Androhung der Busse nach Art. 292 StGB. Rechtsbegehren 2 betraf das Logo 'VW im Kreis' auf Kennzeichenhalterungen. Das Massnahmeverfahren wurde am 26. Januar 2017 abgeschrieben. Mit Entscheid vom 3. Oktober 2018 (HG.2016.142) schützte das Handelsgericht Rechtsbegehren 1, schrieb Rechtsbegehren 2 als gegenstandslos ab und regelte die Kosten.

Verfahren vor Bundesgericht: Die Beklagte erhob Beschwerde in Zivilsachen und beantragte die Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 4 sowie die Abweisung von Rechtsbegehren 1. Die Beschwerdegegnerinnen beantragten Abweisung. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. Mit Verfügungen vom 26. Februar 2019 (superprovisorisch) und 20. März 2019 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen

Zulässigkeit: Es handelt sich um eine Zivilrechtsstreitigkeit nach MSchG und UWG mit einziger kantonaler Instanz (Art. 5 Abs. 1 lit. a und d ZPO; Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen gegen einen Endentscheid ist unabhängig vom Streitwert zulässig (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG; Art. 90 BGG). Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit von Amtes wegen, wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), behandelt aber grundsätzlich nur die gerügten Punkte und unterliegt dem strengen Rügeprinzip (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Es ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG); Sachverhaltsrügen müssen klar und substanziiert erfolgen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführerin verliess diesen Rahmen weitgehend, weshalb ihre neuen Sachverhaltsbehauptungen, insbesondere zu Wissen und Verhalten der Beschwerdegegnerinnen und zur Wettbewerbsproblematik, unbeachtet blieben.

Markenrechtlicher Mitgebrauch: Die Beschwerdeführerin rügte eine unzutreffende Anwendung von Art. 13 Abs. 2 lit. e i.V.m. Art. 3 Abs. 1 MSchG. Nach Art. 13 Abs. 2 lit. e MSchG kann der Markeninhaber Dritten untersagen, ein Zeichen auf Geschäftspapieren, in der Werbung oder sonst im geschäftlichen Verkehr zu gebrauchen, das nach Art. 3 Abs. 1 MSchG vom Schutz ausgeschlossen ist. Nach der Rechtsprechung darf ein Händler die fremde Marke zur Beschreibung eigener Waren und Dienstleistungen verwenden, sofern sich die Werbung deutlich auf eigene Angebote bezieht; die allgemeine Bewerbung der Marke ohne Bezug auf ein Sortiment bleibt dem Markeninhaber vorbehalten, und die Grenze liegt beim unzutreffenden Eindruck einer besonderen Beziehung zum Markeninhaber (BGE 128 III 146 E. 2b; 126 III 322 E. 3). Das Bundesgericht bestätigte, dass die Enseigne 'VW-Land Toggenburg' kennzeichnend ist, da sie den Betrieb individualisiert (Art. 954a Abs. 2 OR). Es liege daher ein kennzeichenmässiger Mitgebrauch vor, der vom Ausschliesslichkeitsrecht nach Art. 13 Abs. 2 lit. e MSchG erfasst sei. Der…