En Fait
L'Administration fédérale des contributions (AFC) a émis le 15 décembre 1998 à l'encontre de [X.] une facture complémentaire de Fr. ... pour la période allant du premier trimestre 1995 au quatrième trimestre 1996. Le contribuable a formé un recours le 29 janvier 1999 et a reconnu le 21 décembre 2001 la méthode de calcul choisie par l'AFC et l'estimation de la consommation propre du secteur de la construction, mais s'est réservé le droit d'inclure les intérêts de construction dans l'assiette fiscale.
L'AFC a émis le 22 octobre 2001 des factures complémentaires pour la période allant du premier trimestre 1995 à et y compris le quatrième trimestre 2000 et pour les deux premiers trimestres 2001. Le contribuable a payé ces factures sans retirer la réserve. Le 13 avril 2005 et le 23 août 2005, le contribuable a demandé le remboursement de l'impôt (de consommation propre) payé en trop pour les années 1995 à 2004.
L'AFC a rejeté la demande de remboursement, car le contribuable aurait implicitement retiré la réserve. Le Tribunal administratif fédéral a annulé la décision sur recours et a renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure pour qu'elle rende une nouvelle décision sur recours.
En Droit
Le Tribunal fédéral examine d'office la compétence et les conditions de recevabilité. Le recours est dirigé contre une décision du Tribunal administratif fédéral dans une affaire de droit public et peut donc être attaqué par un recours en matière de droit public.
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit et examine les griefs invoqués. L'AFC invoque que l'autorité inférieure a établi de manière manifestement inexacte les faits pertinents pour le jugement. L'autorité inférieure a constaté que le contribuable avait maintenu la réserve formulée le 21 décembre 2001 et suppose en outre que la réserve comprenait non seulement les intérêts sur les capitaux propres mais également les intérêts sur les capitaux étrangers.
Le Tribunal fédéral constate que la réserve…