Sachverhalt
Die A. GmbH (Gesuchstellerin, Klägerin, Beschwerdeführerin) reichte am 26. Juni 2024 beim Bundespatentgericht ein Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gegen die B. AG (Gesuchsgegnerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) ein. Sie beantragte die superprovisorische Anordnung eines Verbots, Arzneimittel mit dem Wirkstoff Rivaroxaban herzustellen, zu vertreiben oder in Verkehr zu bringen, sowie die Löschung entsprechender Einträge in der Datenbank "pharmavista.ch". Die Beklagte hatte bereits am 20. Juni 2024 eine Schutzschrift beim Bundespatentgericht hinterlegt, um sich gegen ein mögliches Massnahmegesuch zu wehren.
Das Bundespatentgericht wies das Gesuch mit Urteil vom 10. Juli 2024 ab, ohne der Klägerin die Schutzschrift zur Stellungnahme zu übermitteln. Es begründete die Abweisung damit, dass die Glaubhaftmachung einer Patentverletzung nicht gelungen sei, und berücksichtigte dabei die Argumente der Schutzschrift. Zudem sprach das Gericht der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 25'000.- zu, obwohl diese keinen entsprechenden Antrag gestellt hatte.
Die Klägerin erhob Beschwerde beim Bundesgericht und rügte insbesondere die Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie die willkürliche Zusprechung der Parteientschädigung. Sie beantragte die Aufhebung des Urteils und die Rückweisung der Sache an das Bundespatentgericht zur Wahrung des rechtlichen Gehörs und neuer Beurteilung.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüfte zunächst die Zulässigkeit der Beschwerde gegen den Zwischenentscheid des Bundespatentgerichts. Es bestätigte seine ständige Praxis, wonach Zwischenentscheide über vorsorgliche Massnahmen nur anfechtbar sind, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur begründen (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Der Verlust der Verfassungskontrolle allein reicht hierfür nicht aus. Die Beschwerdeführerin konnte jedoch darlegen, dass ihr durch die Verweigerung der Anhörung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohte, da das Bundespatentgericht das Massnahmegesuch ohne kontradiktorische Verfahrensstufe definitiv abgewiesen hatte.
Sodann befasste sich das Bundesgericht mit der Verletzung des rechtlichen Gehörs. Es stellte fest, dass das Bundespatentgericht das Verfahren zur Anordnung vorsorglicher Massnahmen bei Vorliegen einer Schutzschrift zweistufig hätte durchführen müssen: In der ersten Stufe entscheidet das Gericht über das Superprovisorium unter Berücksichtigung der Schutzschrift, ohne diese der Gegenpartei zuzustellen. In der zweiten Stufe folgt jedoch zwingend ein kontradiktorisches Verfahren mit Anhörung der Parteien und Wahrung des Replikrechts. Diesem…