En Fait

La contribuable, une société anonyme ayant son siège à [S.] /BE, active principalement dans l’exploitation de chemins de fer de montagne et d’installations sportives, a connu des difficultés économiques durant les périodes fiscales 2011 à 2015. Le 16 mai 2011, un tribunal civil a ordonné un sursis concordataire provisoire, suivi d’un sursis concordataire définitif jusqu’au 16 juin 2012. L’Administration fédérale des contributions (AFC) a déclaré des créances fiscales impayées dans la deuxième classe, dont Fr. 742'045.60 pour le quatrième trimestre 2010 à mai 2011.

Dans le cadre de la restructuration, la Confédération, le canton et la commune ont renoncé à des créances de prêt totalisant Fr. 8'676'335.-- en faveur de la contribuable, sans recevoir d’actions en contrepartie. Par ailleurs, le capital-actions de Fr. 16'870'000.-- a été réduit de 90 % à Fr. 1'687'000.--, puis augmenté ultérieurement par une augmentation de capital de Fr. 6'000'000.-- pour atteindre Fr. 7'687'000.--. Cela a permis la conclusion d’un concordat avec un dividende concordataire de 3,6788 % pour les créanciers chirographaires, tandis que l’AFC, en tant que créancière privilégiée, a recouvré l’intégralité de ses créances.

L’AFC a effectué un contrôle pour les périodes fiscales 2011 à 2015 et a établi un rappel de Fr. 283'926.--. Celui-ci reposait sur le fait que la contribuable avait déclaré des taxes préalables pour la période fiscale 2012 s’élevant à Fr. 563'863.--, devant être réduites de Fr. 208'314.--. L’AFC a qualifié les renonciations à créances de subventions de droit public et estimé que le flux de fonds issu de ces renonciations constituait une contrepartie nulle. La contribuable a contesté l’avis d’imposition et formé un recours, qui s’est révélé infructueux.

Le Tribunal administratif fédéral a partiellement donné raison au recours : il a annulé la décision sur recours pour les périodes fiscales 2011 (en raison de la prescription extinctive) et 2012 (pour renvoi au recalcul de la réduction de la taxe préalable), mais a confirmé la décision pour les périodes fiscales 2013 à 2015. La contribuable a alors formé un recours auprès du Tribunal fédéral et demandé que la créance fiscale pour la période 2012 soit fixée à Fr. 539'596.-- au maximum. L’AFC a demandé le rejet du recours et a progressivement réduit sa créance fiscale pour la période 2012 à Fr. 619'359.--.

En Droit

1. Recevabilité du recours et objet du litige

Le Tribunal fédéral examine le recours en matière de droit public et constate que les conditions prévues aux art. 82 let. a, art. 83 e contrario, art. 86 al. 1 let. a, art. 89 al. 1 et art. 100 al. 1 LTF sont remplies. Le recours porte exclusivement sur les considérations de l’instance précédente concernant la période fiscale 2012. La décision de renvoi du Tribunal administratif fédéral est considérée comme une décision finale au sens de l’art. 90 LTF, dans la mesure où l’affaire a été renvoyée à l’AFC pour recalcul de la réduction de la taxe préalable. Le Tribunal fédéral admet le recours.

2. Recevabilité des conclusions de l’AFC dans la procédure devant le Tribunal fédéral

L’AFC a plusieurs fois réduit sa créance fiscale pour la période 2012 au cours de la procédure, ce qui est admissible et ne constitue pas un recours incident. Le Tribunal fédéral ne peut, conformément à l’art. 107 al. 1 LTF, statuer au-delà des conclusions des parties. Si l’AFC l’emporte, sa créance fiscale ne pourrait être fixée qu’à Fr. 619'359.-- au maximum. La contribuable demande quant à elle une fixation à Fr. 539'596.-- au maximum.

3. Droit applicable et étendue du contrôle

Le Tribunal fédéral applique d’office le droit fédéral (art. 106 al. 1 LTF) et l’examine avec une pleine cognition (art. 95 let. a LTF). La taxe sur la valeur ajoutée (TVA) est conçue comme une taxe à tous les stades avec droit à déduction de la taxe préalable (art. 1 al. 1 LTVA 2009) et vise à taxer la consommation finale non entrepreneuriale sur le territoire national (art. 1 al. 1 phrase 2 LTVA 2009). Le droit à déduction de la taxe préalable est possible conformément à l’art. 28 al. 1 LTVA 2009, pour autant que la taxe préalable ait été payée et supportée économiquement. Les exceptions au droit à déduction nécessitent une base légale expresse, comme le prévoient les Art. 29 LTVA 2009 et art. 18 al. 2 LTVA 2009.

4. Qualification des renonciations à créances en tant que subventions de droit public

Les renonciations à créances litigieuses de la part des pouvoirs publics doivent être…