Sachverhalt
Die [A.] ag (Beklagte, Beschwerdeführerin) und [B.] (Kläger, Beschwerdegegner) schlossen am 25. April 2011 einen Arbeitsvertrag ab. Die Beklagte kündigte das Arbeitsverhältnis mit Einschreiben vom 23. Oktober 2017 fristlos. Der Kläger erachtete die Voraussetzungen für eine fristlose Kündigung als nicht gegeben und die Entlassung als missbräuchlich, erhob vorsorglich Einsprache und bot seine Arbeitsleistung an.
Am 25. Oktober 2018 reichte der Kläger beim Regionalgericht Emmental-Oberaargau Klage ein und verlangte zunächst netto CHF 138'273.40 nebst Zins, eine Entschädigung nach Art. 337c Abs. 3 OR sowie die Beseitigung des Rechtsvorschlags. Im schriftlichen Parteivortrag vom Januar 2020 beschränkte er die Klage auf netto CHF 115'699.20 nebst Zins, verlangte zwei Monatslöhne als Entschädigung und die Überlassung eines retinierten BMW 520d zum Alleineigentum mit Anrechnung von CHF 2'000.00.
Das Regionalgericht wies die Klage mit Entscheid vom 19. Februar 2020 ab, da es die Verrechnung über den gesamten eingeklagten Betrag zuliess. Das Obergericht des Kantons Bern, 2. Zivilkammer, hiess die Berufung mit Entscheid vom 16. Juni 2021 teilweise gut (ZK 20 351). Es verurteilte die Beklagte zur Zahlung von Fr. 88'031.-- nebst Zins zu 5 % seit 25. Oktober 2017, nachdem es Gegenforderungen der Beklagten im Umfang von Fr. 11'864.80 als verrechenbar erachtete. Die Prozesskosten beider Instanzen verteilte es im Verhältnis zwei Drittel zu Lasten der Beklagten und ein Drittel zu Lasten des Klägers. Die fristlose Kündigung wurde als aus wichtigem Grund gerechtfertigt beurteilt.
Die Beklagte erhob Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids und die Abweisung der Klage, eventualiter die Rückweisung. Zudem verlangte sie eine hälftige Auferlegung der erstinstanzlichen Gerichtskosten und die Wettschlagung der erstinstanzlichen Parteikosten. Der Beschwerdegegner beantragte Abweisung der Beschwerde, die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. Mit Präsidialverfügung vom 11. Oktober 2021 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.
Erwägungen
Der angefochtene Entscheid ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 BGG). Der Streitwert erreicht den Mindestbetrag von Fr. 15'000.-- in arbeitsrechtlichen Fällen (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG), womit die Beschwerde in Zivilsachen zulässig ist. Die Rüge muss nach Art. 95 und 96 BGG erfolgen und hinreichend begründet werden (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht legt den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG) und korrigiert diesen nur bei offensichtlicher Unrichtigkeit, das heisst Willkür, wobei die Behebung für den Ausgang entscheidend sein muss (Art. 105 Abs. 2 und Art. 97 Abs. 1 BGG).
Hinsichtlich der Beweiswürdigung greift das Bundesgericht nur bei Willkür ein. Eine offensichtlich unhaltbare Würdigung liegt vor, wenn Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt werden, ein entscheidwesentliches Beweismittel ohne sachlichen Grund unberücksichtigt bleibt oder unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen werden. Appellatorische Kritik genügt nicht.
In der Sache rügte die Beschwerdeführerin, die Gegenforderungen seien nicht rechtsgenüglich bestritten worden und hätten daher als anerkannt gelten müssen. Das Bundesgericht anerkennt, dass implizite Bestreitungen möglich sind, wobei der erforderliche Substanziierungsgrad der Bestreitung vom Substanziierungsgrad der Behauptungen abhängt (BGE 144 III 519). Die Beschwerdeführerin vermochte nicht aufzuzeigen, dass die Vorinstanz eine unrichtige Rechtsauffassung zugrunde gelegt hätte. Das Bundesgericht ist an die Feststellung gebunden, dass die Forderungen bestritten wurden, und deutet die kantonalen Rechtsschriften nicht neu aus. Die Eventualrüge einer falschen Beweiswürdigung (Art. 157 ZPO) ist nicht rechtsgenüglich als Willkürrüge begründet. Die übrigen Rügen zu Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 4 ZGB, Art. 42 OR sowie Art. 55, 58, 221 und 317 ZPO vermischen Rechts- und Sachverhaltskritik und stützen sich auf nicht festgestellte Tatsachen; darauf ist nicht einzutreten. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
Hinsichtlich der erstinstanzlichen Prozesskosten rügte die Beschwerdeführerin die Verteilung. Der Beschwerdegegner hatte vor Regionalgericht zunächst Fr. 138'273.40 eingeklagt und die Klage erst im schriftlichen Parteivortrag auf Fr. 115'699.20 beschränkt. Eine Klagebeschränkung nach Art. 227 Abs. 3 ZPO ist einem teilweisen Klagerückzug gleichzustellen (Art. 65 ZPO) und hat Rechtskraftwirkung. Die…