En fait
La société Parking Plaine de Plainpalais SA (l'assujettie), dont le siège est à Genève, est immatriculée à la TVA depuis le 1er janvier 1995. Elle exploite un parking souterrain sur une parcelle appartenant à la Ville de Genève.
Par convention des 22 et 30 juin 1978, la Ville de Genève a constitué un droit de superficie en faveur de la société. La convention prévoit que la Ville renonce à percevoir une rente de superficie tant que les investissements de la superficiaire et des prêteurs ne sont pas rentés et amortis, en raison de l'intérêt public de l'ouvrage et des risques économiques encourus. Selon la convention, le retour des constructions à l'expiration du droit s'opère sans contrepartie. Le droit, initialement prévu jusqu'en 2013, a été prolongé jusqu'en 2043 par avenants des 1er février et 17 mars 1999. Aucune rente n'avait été perçue au 2 mai 2017.
A la suite d'un contrôle portant sur les périodes 2010 à 2013, l'Administration fédérale des contributions (l'autorité fiscale) a estimé que l'assujettie n'avait pas réduit la déduction de l'impôt préalable malgré la réception d'une subvention sous forme de droit de superficie sans rente. Par décision du 28 juin 2016, confirmée sur réclamation le 2 mai 2017, elle a fixé les créances fiscales et la correction d'impôt en sa faveur à 44'565 fr.
Le Tribunal administratif fédéral, saisi par l'assujettie, a admis le recours par arrêt du 30 janvier 2019, annulé la décision sur réclamation et renvoyé le dossier à l'autorité fiscale. Il a retenu que la renonciation à la rente n'était pas une subvention, car l'octroi gratuit du droit de superficie se trouvait dans un rapport d'échange avec le retour sans indemnité des constructions.
L'autorité fiscale forme un recours en matière de droit public et demande l'annulation de l'arrêt cantonal, la reconnaissance d'une subvention et la réduction de la déduction de l'impôt préalable. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause pour fixation de la valeur des subventions. L'assujettie conclut au rejet du recours.
En droit
Sur la recevabilité, le Tribunal fédéral relève que l'arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente, recevable seulement aux conditions des art. 92 et 93 LTF. Il est toutefois réputé causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) lorsque l'autorité doit rendre une nouvelle décision qu'elle estime contraire au droit sans pouvoir la contester ensuite. En l'espèce, l'autorité fiscale devait se prononcer sur la TVA sur le retour des constructions et adopter le rapport d'échange retenu par l'arrêt de renvoi, de sorte que le recours est recevable.
Concernant la violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), le Tribunal fédéral rejette le grief. La qualification de subvention était la prémisse nécessaire au calcul de la réduction de la déduction, et l'assujettie avait contesté l'existence même de la subvention dans son argumentation. Le Tribunal administratif fédéral n'avait pas à inviter les parties à se prononcer sur la convention, déjà versée au dossier, et sa motivation, bien que succincte, permettait de comprendre son raisonnement.
Sur le fond, une prestation soumise à la TVA suppose un échange de prestations, c'est-à-dire un rapport économique étroit entre prestation et contre-prestation, impliquant des valeurs économiques équivalentes. Les subventions de droit public sont exclues de la contre-prestation (art. 18 al. 2 let. a LTVA) et entraînent une réduction proportionnelle de la déduction de l'impôt préalable (art. 33 al. 2 LTVA). Une subvention est une notion économique, examinée in concreto indépendamment de sa dénomination, et peut être accordée par renonciation à une prestation due.
Le Tribunal fédéral rappelle que le droit de superficie est normalement rémunéré par une rente, qui rétribue l'usage du sol, tandis que l'indemnité au retour des constructions (art. 779d CC) rémunère la valeur des bâtiments. Ces deux éléments sont juridiquement…