En Fait
La fondation de recherche [X.] , une fondation au sens des art. 80 et suivants du CC, soutient la sécurité des intérêts à long terme de la société [Z. AG] et de ses sociétés du groupe en tant qu'entreprises indépendantes et axées sur la technologie. L'Administration fédérale des contributions a effectué un contrôle auprès de la fondation, conformément à l'art. 50 de l'ordonnance du 22 juin 1994 sur la taxe sur la valeur ajoutée (ordonnance sur la taxe sur la valeur ajoutée, OTVA), pendant les mois de septembre et novembre 1997. La période vérifiée allait du 1er janvier 1995 au 30 septembre 1997. Par la suite, l'Administration fédérale des contributions a émis un compte complémentaire d'un montant de Fr. 5'376'638.--, correspondant à une taxation complémentaire. Ce montant se composait de différentes positions, dont essentiellement des taxes sur la valeur ajoutée déduites en trop.
La fondation a contesté cette taxation complémentaire et a formé une opposition, qui a été rejetée. Par la suite, la fondation a demandé l'annulation de la décision d'opposition auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions, qui a rejeté le recours. La fondation a alors formé un recours en matière de droit administratif auprès du Tribunal fédéral.
En Droit
Le Tribunal fédéral a examiné le recours en matière de droit administratif et a constaté que la recourante ne remplit pas les conditions pour la déduction de la taxe sur la valeur ajoutée. La déduction de la taxe sur la valeur ajoutée n'est autorisée que si le contribuable utilise la prestation entrante pour des livraisons ou des prestations de services imposables. La recourante n'a pas pu prouver que les entrées qu'elle a reçues ont été effectivement utilisées pour des sorties.
Le Tribunal fédéral a également rejeté l'argumentation de la recourante selon laquelle les prestations qu'elle fournit sont rémunérées, car elles sont fournies de manière rémunérée au…