En fait

La A. GmbH exploite depuis env. 2002, sans autorisation, une station de transbordement et de collecte de recyclage sur les parcelles cad. n° 5577 et 5578 à la X.strasse à Kloten. L'immeuble est situé en zone agricole et fait partie d'une ancienne gravière.

Le 25 juillet 2016, la A. GmbH a déposé une demande de permis de construire pour la démolition, l'agrandissement, la transformation et le changement d'affectation des constructions à usage commercial. Par décision globale du 29 décembre 2016, la Direction des travaux publics du canton de Zurich a accordé l'autorisation au titre de l'aménagement du territoire et de la protection de la nature, assortie de charges; le permis de construire de la ville de Kloten date du 17 janvier 2017.

Le Tribunal de recours en matière de construction du canton de Zurich a admis le recours de Pro Natura (Suisse) et de Pro Natura Zurich le 7 décembre 2017 et a renvoyé l'affaire pour poursuite de la procédure, au motif que la zone de frai de batraciens d'importance nationale n'avait pas été suffisamment prise en compte. Le Tribunal administratif du canton de Zurich a rejeté le recours de la A. GmbH le 4 octobre 2018, dans la mesure où il est entré en matière.

La A. GmbH a formé un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral et a notamment conclu à la constatation de la garantie de la situation acquise ainsi qu'à la confirmation des autorisations de construire. Le Tribunal fédéral a rejeté le recours et annulé le permis de construire du 29 décembre 2016.

La question centrale était de savoir si l'installation de recyclage peut être autorisée a posteriori, alors qu'elle se situe en zone agricole et dans le secteur A d'une zone de frai de batraciens d'importance nationale figurant à l'inventaire fédéral IANB, et que le canton n'a pas encore fixé avec précision, parcelle par parcelle, le tracé exact de la limite selon l'art. 5 OBat.

En droit

Le Tribunal fédéral examine d'abord si une autorisation ultérieure peut être accordée pour le changement d'affectation, soumis à autorisation, des constructions commerciales anciennes. Le site se trouve en zone agricole, de sorte qu'une autorisation conforme à la zone au sens de l'art. 22 al. 2 LAT n'entre pas en considération. Les règles spéciales de la situation acquise de l'art. 37a LAT et de l'art. 43 OAT sont déterminantes; elles priment les dispositions générales de l'art. 24a LAT et de l'art. 42 OAT. Selon l'art. 43 OAT, la construction doit avoir été réalisée légalement, la nouvelle utilisation ne doit pas entraîner d'effets nouveaux importants sur le territoire et l'environnement, et elle ne doit pas être interdite par un autre acte législatif fédéral. En outre, selon l'art. 43a let. e OAT, aucun intérêt prépondérant de l'aménagement du territoire ne doit s'y opposer, ce qui exige un examen global et une pesée complète des intérêts.

Le site forme depuis 2001 une zone de frai de batraciens d'importance nationale au sens de l'IANB et de l'OBat. La Confédération est compétente pour la protection des biotopes (art. 78 al. 4 Cst.; art. 18a al. 1 LPN). Les objets fixes comprennent le secteur A, avec le plan d'eau de frai et les surfaces attenantes, ainsi que le secteur B, avec les habitats terrestres. Dans le secteur A, la protection de la nature a une priorité stricte sur les autres utilisations. Selon l'art. 5 OBat, les cantons doivent fixer le tracé exact de la limite, prendre des mesures de protection et d'entretien selon l'art. 8 OBat et ordonner des mesures immédiates selon l'art. 10 OBat afin d'empêcher une détérioration.

L'OFEV a retenu de manière convaincante que le périmètre de l'entreprise se situe entièrement dans le secteur A. Le inventaire fédéral plus récent de 2001 est déterminant, et non l'inventaire cantonal de la protection de la nature et du paysage de 1980, qui ne recense qu'une partie du biotope de gravière. Les charges de la décision de première instance ne constituent pas non plus une délimitation implicite du tracé de la limite ni des mesures de…