En fait
Parties et procédure : [A. AG] (défenderesse, recourante), sise à [U.] /SG, exploite un garage automobile et commercialise des véhicules neufs et d'occasion, notamment de la marque VW. Volkswagen AG (demanderesse 1, intimée 1), sise à Wolfsburg, est titulaire des marques verbales internationales 'VW' et 'VOLKSWAGEN' ainsi que de la marque verbale et figurative 'VW im Kreis'. AMAG Automobil- und Motoren AG (demanderesse 2, intimée 2), sise à Zurich, est importatrice générale en Suisse et habilitée à utiliser les droits de marque de la demanderesse 1 et à octroyer des sous-licences.
Relation contractuelle : Fin 2004, respectivement début 2005, la demanderesse 2 a conclu avec la défenderesse un contrat de concessionnaire et un contrat de partenaire de service pour les véhicules utilitaires VW, par lesquels la défenderesse a obtenu le statut de représentation officielle VW et le droit d'utiliser la marque. Le contrat de concessionnaire a été résilié d'un commun accord au 31 décembre 2013, le contrat de partenaire de service au 30 juin 2014. La défenderesse a ensuite continué à proposer majoritairement des véhicules VW et des prestations de service.
Objet du litige : La défenderesse utilisait la désignation 'VW-Land Toggenburg' sur des panneaux publicitaires en toiture, des drapeaux et un panneau autoportant, ainsi que, du moins auparavant, le logo 'VW im Kreis' sur des supports de plaques d'immatriculation. Après des mises en demeure des 4 et 25 août 2014, elle a retiré la désignation de son site Internet; d'autres mises en demeure sont intervenues les 7 mai et 10 juillet 2015.
Procédure devant le Tribunal de commerce : Le 30 septembre 2016, les demanderesses ont déposé une action auprès du Tribunal de commerce du canton de Saint-Gall. Les conclusions 1 tendaient à l'interdiction d'utiliser 'VW-LAND' ou 'VW-LAND TOGGENBURG' dans les affaires, sous menace de l'amende selon l'art. 292 CP. Les conclusions 2 concernaient le logo 'VW im Kreis' sur des supports de plaques d'immatriculation. La procédure de mesures provisionnelles a été rayée le 26 janvier 2017. Par décision du 3 octobre 2018 (HG.2016.142), le Tribunal de commerce a admis les conclusions 1, a déclaré les conclusions 2 sans objet et a réglé les frais.
Procédure devant le Tribunal fédéral : La défenderesse a formé un recours en matière civile et a conclu à l'annulation des chiffres 1, 3 et 4 du dispositif ainsi qu'au rejet des conclusions 1. Les intimées ont conclu au rejet. L'autorité précédente a renoncé à se déterminer. Par ordonnances des 26 février 2019 (super-provisoirement) et 20 mars 2019, l'effet suspensif a été accordé au recours.
En droit
Recevabilité : Il s'agit d'un litige de droit civil fondé sur la LPM et la LCD, soumis à une instance cantonale unique (art. 5 al. 1 let. a et d CPC; art. 75 al. 2 let. a LTF). Le recours en matière civile contre une décision finale est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. b LTF; art. 90 LTF). Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité, applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), mais n'examine en principe que les griefs invoqués et est soumis au strict principe d'allégation des griefs (art. 42 al. 2 et art. 106 al. 2 LTF). Il est lié par les faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF); les griefs relatifs aux faits doivent être formulés de manière claire et motivée (art. 105 al. 2 LTF). La recourante s'est largement écartée de ce cadre, de sorte que ses nouvelles allégations de fait, notamment concernant la connaissance et le comportement des intimées ainsi que la problématique de la concurrence déloyale, n'ont pas été prises en considération.
Usage concurrent au regard du droit des marques : La recourante a fait valoir une application erronée de l'art. 13 al. 2 let. e en lien avec l'art. 3 al. 1 LPM. Selon l'art. 13 al. 2 let. e LPM, le titulaire de la marque peut interdire aux tiers d'utiliser un signe sur des papiers d'affaires, dans la publicité ou autrement dans les affaires, lorsque ce signe est exclu de la protection selon l'art. 3 al. 1 LPM. Selon la jurisprudence, un revendeur peut utiliser la marque d'autrui pour décrire ses propres marchandises et prestations de services, pour autant que la publicité se rapporte clairement à ses propres offres; la publicité générale pour la marque sans lien avec un assortiment demeure réservée au titulaire de la marque, et la limite est atteinte lorsqu'une impression erronée de relation particulière avec le titulaire de la marque est créée (ATF 128 III 146 consid. 2b; 126 III 322 consid. 3). Le Tribunal fédéral a confirmé que l'enseigne 'VW-Land Toggenburg' est distinctive, car elle individualise l'entreprise (art. 954a al. 2 CO). Il s'agirait donc d'un usage concurrent à titre de signe distinctif, couvert par…