En fait

La [A. SA] (défenderesse, recourante) et [B.] (demandeur, intimé) ont conclu un contrat de travail le 25 avril 2011. La défenderesse a résilié les rapports de travail avec effet immédiat par lettre recommandée du 23 octobre 2017. Le demandeur a estimé que les conditions d'un licenciement immédiat n'étaient pas réunies et que le congédiement était abusif ; il a, à titre préventif, formé opposition et offert ses services.

Le 25 octobre 2018, le demandeur a déposé une demande auprès du Tribunal régional Emmental-Oberaargau, réclamant dans un premier temps CHF 138'273.40 net, intérêts en sus, une indemnité au sens de l'art. 337c al. 3 CO ainsi que la mainlevée de l'opposition. Dans son mémoire écrit de janvier 2020, il a limité ses conclusions à CHF 115'699.20 net, intérêts en sus, a demandé deux mois de salaire à titre d'indemnité et la remise, en pleine propriété, d'une BMW 520d retenue, avec imputation de CHF 2'000.00.

Par jugement du 19 février 2020, le Tribunal régional a rejeté la demande, admettant la compensation sur l'ensemble du montant réclamé. La 2e Chambre civile de la Cour suprême du canton de Berne a partiellement admis l'appel par arrêt du 16 juin 2021 (ZK 20 351). Elle a condamné la défenderesse à payer Fr. 88'031.-- avec intérêts à 5 % dès le 25 octobre 2017, après avoir considéré que des créances compensatoires de la défenderesse, d'un montant de Fr. 11'864.80, étaient compensables. Elle a réparti les frais de procès des deux instances à raison de deux tiers à la charge de la défenderesse et d'un tiers à la charge du demandeur. Elle a jugé le licenciement immédiat justifié par de justes motifs.

La défenderesse a formé un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral. Elle a conclu à l'annulation de l'arrêt cantonal et au rejet de la demande, subsidiairement au renvoi. Elle a en outre demandé que les frais judiciaires de première instance soient mis à sa charge pour moitié et que les dépens de première instance soient compensés. L'intimé a conclu au rejet du recours ; l'autorité précédente a renoncé à se déterminer. Par ordonnance présidentielle du 11 octobre 2021, l'effet suspensif a été accordé au recours.

En droit

La décision attaquée est une décision finale (art. 90 LTF) rendue par un tribunal supérieur cantonal (art. 75 LTF). La valeur litigieuse atteint le montant minimal de Fr. 15'000.-- requis en matière de droit du travail (art. 74 al. 1 let. a LTF), de sorte que le recours en matière civile est recevable. Les griefs doivent être formulés conformément aux art. 95 et 96 LTF et motivés de manière suffisante (art. 42 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF) et ne les rectifie que s'ils sont manifestement inexacts, soit arbitraires, et que la correction est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 105 al. 2 et art. 97 al. 1 LTF).

S'agissant de l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient que pour arbitraire. Une appréciation manifestement insoutenable est réalisée lorsque le sens et la portée d'un moyen de preuve sont manifestement méconnus, lorsqu'un moyen de preuve déterminant est écarté sans motif objectif ou lorsque des conclusions insoutenables sont tirées. La critique appellatoire ne suffit pas.

Sur le fond, la recourante a fait valoir que les créances compensatoires n'avaient pas été contestées de manière suffisante et devaient donc être tenues pour reconnues. Le Tribunal fédéral admet que des contestations implicites sont possibles, le degré de précision requis de la contestation dépendant de celui des allégations (ATF 144 III 519). La recourante n'a pas réussi à démontrer que l'autorité précédente aurait retenu une conception juridique erronée. Le Tribunal fédéral est lié par la constatation que les créances ont été contestées et ne réinterprète pas les écritures cantonales. Le grief subsidiaire d'appréciation erronée des preuves (art. 157 CPC) n'est pas motivé de manière conforme comme grief d'arbitraire. Les autres griefs fondés sur l'art. 29 al. 2 Cst., l'art. 4 CC, l'art. 42 CO ainsi que les art. 55, 58, 221 et 317 CPC mêlent critique juridique et critique des faits et reposent sur des faits non établis ; il n'y a pas lieu d'entrer en matière. Le recours est rejeté sur ce point.

S'agissant des frais de procès de première instance, la recourante critique leur répartition. L'intimé avait d'abord réclamé Fr. 138'273.40 devant le Tribunal régional et n'a limité sa demande à Fr. 115'699.20 que dans son mémoire écrit. Une limitation des conclusions au sens de l'art. 227 al. 3 CPC équivaut à un retrait partiel de la demande (art. 65 CPC) et déploie l'autorité de la chose…